新一代基因测序仪比目前常用的测序仪体积小、速度快、价格便宜，不仅可以用来鉴定人类疾病基因，而且可用于病原微生物测序。德国比勒费尔德大学生物技术中心与明斯特大学、维也纳大学等机构的科学家一道，以大肠杆菌毒株O157:H7为实验材料，对罗氏公司(Roche)的GS Junior、离子激流公司（Ion Torrent）的PGM以及亿明达公司（Illumina）的MiSeq三种新一代基因测序仪进行了性能比较。结果表明，这三种仪器均适合用于医学临床，对细菌病原进行快速、精确的检测。
    不过，三种仪器存在一些细微差别。在测序的速度方面，MiSeq和PGM两种仪器最快。在测序的准确性方面，就常见的插入-缺失碱基信息错误（也就是多读一个或者少读一个碱基信息）而言， MiSeq出错的情况最少；就替代性错误（也就是读错碱基信息）而言，GS Junior和PGM出错的几率更小。由于在实际基因组测序中，通常要对每个片段进行多次重复测序，因此相关缺陷可以得到弥补。专家估计，鉴于三种仪器的测试结果均较理想，今年就有可能成为一些重要科研和卫生机构监测细菌性疾病发生的日常检测工具。有关研究结果发表在《自然-生物技术》杂志上。